Tente pesquisar no filtro Fatia do PythonFu. Vai tirar uma imagem e depois dividi-la em quantas partes você quiser de uma forma ainda mais possível, então você pode manualmente juntá-las da maneira que quiser.
Há também o plug-in Guilhotina que divide a imagem com base em quaisquer guias sobre a imagem. Novamente, isso exigiria que você compusesse manualmente as imagens novamente.
E, finalmente, há este filtro Dividir e unir imagens que encontrei no Registro do GIMP. Eu não tenho que dar certo, mas talvez você possa. Também parece estar parcialmente em outro idioma.
Estes não são exatamente o que você quer, já que não é automático - mas talvez você possa pegá-los e criar seu próprio script PythonFu ou extensão GIMP!