Ok, então existem duas coisas que poderiam estar acontecendo aqui.
A) Você mencionou boot seguro, implicando um sistema UEFI. Você pode ter instalado a versão de inicialização do BIOS do GRUB.
B) Você precisa usar um programa como o EasyBCD para adicionar uma entrada do Linux ao menu do carregador de inicialização do Windows e torná-lo visível na inicialização. Apenas o Google EasyBCD para mais informações.
Espero que isso ajude !!!