A multiplexação de conexão SSH ou o compartilhamento de conexão pode resolver seu problema. Dê uma olhada neste wiki de multiplexação ssh . Pode ser capaz de reduzir o número de conexões que você está fazendo para o servidor e, portanto, não acionar as configurações de força bruta.
Para responder à segunda parte da questão - Como fazer isso em um script bash / fechar outras janelas. Você provavelmente pode simplificar o problema usando chaves ssh e uma conexão persistente.
- Observe as conexões persistentes que manterão a sessão ssh aberta por um determinado período de tempo. Aqui está uma resposta anterior que abrange alguns dos isso.
- Veja a implementação de logins baseados em chave sem uma senha. Isso permitirá que seus scripts façam login sem uma senha. O Github tem boas instruções aqui.