Supondo que você tenha duas partições, uma para Windows e outra para o Ubuntu, se seus dados estiverem na partição do Windows 7 e você estiver executando o gerenciador de atualização no Ubuntu, isso não afetará sua partição NTFS. Se estiver executando o gerenciador de atualização, isso afetará apenas os arquivos do sistema na sua partição do Ubuntu.
Se você tiver dados na partição do Ubuntu, eles também não deverão afetar os, a menos que você tenha decidido salvar seus dados em uma pasta do sistema que seja excluída por algum motivo. Contanto que esteja na sua pasta /home/xxxxx/ , isso deve ser seguro.