Você pode usar esse parâmetro --exclude para ignorar arquivos e pastas. Para arquivos e pastas ocultos (nome do arquivo ou pasta começa com . ) use o parâmetro abaixo:
--exclude "**/.*"
Isso significa que corresponde todos os arquivos e pastas que começam com . em todas as pastas recursivamente.
- O glob
**corresponderá de forma recursiva a todos os arquivos e diretórios -
*corresponderá a qualquer número de caracteres
Mais informações sobre a expansão do nome do caminho (globbing)
De man rsync
--exclude=PATTERN
exclude files matching PATTERN