Você precisa criar uma entrada * .desktop e colocá-la em / usr / share / applications ou ~ / .local / share / applications.
Exemplo:
# eclipse.desktop
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
Exec=/home/me/Development/tools/eclipse
Name=Eclipse
Comment=Develop software with the Eclipse IDE
Icon=icon path here
gnome-desktop-item-edit
do pacote gnome-panel
deve poder fazer isso por você, se você não quiser criar a entrada sozinho.