Você deve estar bem removendo esse arquivo, porque é um log já rotacionado. Como você precisa de permissões de root para fazer isso, você não terá uma opção na GUI para excluir esse arquivo.
Você pode fazer isso a partir da linha de comando:
sudo rm /var/log/kern.log.1
Cada vez que você inicializa, os arquivos de log serão criados e girados novamente, então você provavelmente deve observar os próximos tamanhos de arquivo kern.log. *. Relatório de bug relacionado no Launchpad: link