Estou com problemas semelhantes. Tenho notado que isso ocorre se eu usar a opção --auto
do xrandr ou definir o modo para uma resolução diferente daquela definida no painel de configurações "display" antes de configurar o xrandr.
Estou usando um script de inicialização para definir o xrandr quando eu fizer login:
xrandr --output VGA-0 --left-of DVI-0
tente substituir "VGA-0" e "DVI-0" por qualquer saída de hardware.
Não é ideal, pois estou trabalhando em um monitor muito menor do que o meu monitor principal é capaz (o que parece ser um problema não relacionado), mas eu posso pelo menos usar os dois monitores desta forma