Isso soa como um "problema" do Ubuntu.
Dito isso, parece que o Windows 8 só tem uma solução alternativa para isso, porque é comum em todos os hardwares de áudio. Quando você desconecta o hardware de áudio, a corrente flui através do que toca os contatos. Como o plugue está em movimento, polos diferentes contatam contatos diferentes e causam o som de estalo. Não é um defeito de hardware, apenas parece que o Windows tem uma maneira de detectar quando você desconecta o hardware mais rapidamente, para que ele possa silenciar esse efeito. No Ubuntu, ele faz o efeito mudo, mas não a tempo de parar a quebra naquele canal.