A inicialização de plugins deve aparecer apenas uma vez (por exemplo, após a atualização do obturador ou uma nova instalação do Ubuntu). Se este diálogo aparecer toda vez que você iniciar o Shutter, é simplesmente um bug. Existe uma versão atualizada do Shutter no nosso PPA. Por favor, tente ver se está corrigido.
sudo add-apt-repository ppa:shutter/ppa
sudo apt-get update && sudo apt-get install shutter