Se você instalar os pacotes oficiais do Ubuntu, não há muito o que fazer de errado. Eu instalaria os seguintes pacotes usando o terminal:
sudo apt-get install octave-io octave-java openjdk-7-jdk openjdk-7-jre openjdk-7-jre-headless
e, em seguida, defina o caminho java em .octaverc
. Crie o arquivo usando o terminal
gedit $HOME/.octaverc
e cole dentro
setenv ("JAVA_HOME", "/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64");