Não há problema algum. Mas você precisa instalar o Windows primeiro para que o grub possa identificá-lo e adicionar uma entrada para ele no menu.
Você pode encontrar mais informações sobre o boot duplo aqui:
É possível executar uma máquina de inicialização dupla instalando o Windows em um disco rígido na máquina e instalando o Ubuntu em um segundo disco rígido dentro da máquina?
Não há problema algum. Mas você precisa instalar o Windows primeiro para que o grub possa identificá-lo e adicionar uma entrada para ele no menu.
Você pode encontrar mais informações sobre o boot duplo aqui: