Eu criei este script que executei na inicialização e de hora em hora no cron, ele deve corrigir isso (já que desabilitar e reativar o plug-in de comandos compiz conserta isso e é isso que o script faz de maneira feia - tenho certeza de que ser muito melhor, mas funciona).
#!/bin/bash
sleep 5
a='gsettings get org.compiz.core:/org/compiz/profiles/unity/plugins/core/ active-plugins'
b='echo $a | sed "s/'commands', //" | sed "s/, 'commands'//"'
c='echo "${b::-1}, 'commands']"'
gsettings set org.compiz.core:/org/compiz/profiles/unity/plugins/core/ active-plugins "$c"
sleep 0.1
gsettings set org.compiz.core:/org/compiz/profiles/unity/plugins/core/ active-plugins "$b"
sleep 0.1
gsettings set org.compiz.core:/org/compiz/profiles/unity/plugins/core/ active-plugins "$a"