A descrição do seu problema não está totalmente clara para mim.
Mas o procedimento correto para a inicialização dupla é bem simples.
Primeiro, instale as janelas em uma partição. Em seguida, instale o Ubuntu em outra partição. E use o ubuntu grub para acessar o sistema operacional desejado durante a inicialização.
E, se você tiver feito isso, a partição do Windows deve estar bem.