Recentemente, recebi essas notificações para funcionar. Não tenho certeza se isso funcionará para todos. Eu também não tenho certeza se isso é um bug ou não. Parece mais uma supervisão de software esquecido que deve ser instalado por padrão. Eu instalei os seguintes pacotes para fazer tudo (som, bolha, indicador de mensagens) funcionar:
sudo apt-get install notification-daemon esound python-notify
Boa sorte para todos os outros que tenham problemas com isso!