Eu fiz a mesma observação. O IBus, que é habilitado por padrão no Ubuntu, tem algumas regras internas de compor tabelas, mas ao mesmo tempo parece desabilitar a funcionalidade fornecida pela libx11 .
De algumas fontes, diz-se que ~/.XCompose é reconhecido junto com uim. Portanto, uma possível solução para você (não testada) pode ser instalar e ativar a estrutura uim IM e começar a usar uim-anthy em vez de ibus-anthy.
Editar:
Eu estava curioso, então testei. uim parece funcionar. Não sei dizer como é conveniente usar o Anthy com o uim ao invés do ibus.