Com meu conhecimento limitado, posso recomendar o Python e o C. Como você deve saber, não existe uma linguagem 'melhor'. Você pode ver muitas discussões sobre o tópico, como a em aqui ou aqui ou este link ou este isso também pode ser útil para você.
Esta é uma pergunta muito comum que eu poderia estar fazendo, mas ainda não cheguei a uma resposta clara. Eu quero ser um desenvolvedor totalmente Linux (BOTH Backend / Coder e GUI). Quais linguagens de programação devo aprender?
(Atualmente estou aprendendo o Shell Scripting).
Obrigado. :)