Atualmente, o whatsapp suporta apenas plataformas móveis. A solução possível é executar o whatsapp usando um emulador android.
Bluestacks é uma boa escolha, mas não está disponível no Linux. Você pode tentar instalar o Genymotion que está disponível para todas as plataformas, como Linux, Windows e Mac.
Para instruções detalhadas para obter o whatsapp rodando sob Linux, visite este link .