ls -l
simplesmente lista todos os arquivos e pastas no local atual. Isso inclui arquivos ocultos. Arquivos ocultos geralmente não são mostrados pelos navegadores de arquivos (como nautilus que você provavelmente usa).
Esses arquivos começam com um ponto (.) ou e com um til (~). Os últimos também são chamados de arquivos de backup. Eles são criados pela maioria dos editores de texto (como o gedit, que você provavelmente usa) automaticamente e contêm o conteúdo do arquivo antes da última edição. Então você sempre pode dar um passo para trás.
Eu não recomendo, mas se você quiser, você pode desabilitar isso no gedit indo em Editar → Preferências → Editor e desmarque a opção "Criar uma cópia de backup dos arquivos antes de salvar".
Você também pode mostrar esses arquivos no nautilus pressionando ctrl + H ou indo para View e marque "Show Hidden Files".