Eu tenho o mesmo problema há algum tempo. Então, descobri que adicionei outro repositório para o Docky, o que o tornou semelhante ao Plank.
Abra o Centro de software, vá para "Editar" - > "Fontes de Software" e clique em "Outro Software". Procure por um repositório que tenha plank ou docky em seu nome e, se você corrigir um, desmarque-o e feche a janela. (Docky está no repositório padrão)
Agora execute sudo apt-get update
e reinstale o docky normalmente (como fez anteriormente).