Com base nos seus comentários:
Notícia ruim, meu amigo. Você pode adicionar e / ou remover o nome do espaço de trabalho e o nome da perspectiva na barra de título. Mas você não pode remover as outras entradas.
E esse truque só funciona até o título do próprio Eclipse ser alterado novamente:
wmctrl -l | awk '/Java.*Eclipse/ {print $1}' | xargs -I {} wmctrl -i -r {} -T "Eclipse"
O comando pesquisa a janela do Eclipse e altera seu título.
E esse é um hack realmente sujo:
#!/bin/bash
/<your_eclipse_path>/eclipse &
# Wait for eclipse
sleep 15
WIN=$(wmctrl -l | awk '/Java.*Eclipse/ {print $1}')
echo "$WIN"
while [[ "$WIN" != "" ]]; do
sleep 1
wmctrl -i -r "$WIN" -T "Eclipse"
WIN=$(wmctrl -l | grep -o "$WIN")
done