Eu tive o mesmo problema e descobri que Ctrl + G irá liberar o mouse da janela, então você pode minimizá-lo ou o que quer que seja de lá.
Fonte: Tópico do fórum Frozenbyte
Eu não tenho certeza se isso é específico para a versão linux do jogo Trine, eu vou ter que instalar o Aquaria. Adoro esses jogos de pacote humildes!
EDIT: Sim, também funciona para a Aquaria. Embora, quando você move o cursor sobre a janela, ela recaptura imediatamente. enquanto em Trine você tem que Ctrl + G para voltar para a janela.