Provavelmente porque você não matou todos os processos (dica: everpad-provider).
Assumindo que você não precisa fazer backup de suas anotações (se fizer isso, faça isso antes), tente isto:
#close everpad
rm -rf ~/.everpad/ ~/.config/everpad/
killall everpad-provider
Em seguida, reinicie o everpad. Você não precisa fazer uma nova autorização.