Você pode redefinir o nautilus excluindo seu arquivo de configuração.
Primeira configuração de backup:
$ mv ~/.config/nautilus ~/.config/nautilus_old
$ mv ~/.gconf/apps/nautilus ~/.gconf/apps/nautilus_old
Em seguida, reinicie e, se funcionar, você poderá excluir os arquivos de backup. Caso contrário, basta copiá-los de volta para restaurar o estado atual.