Use find desta maneira:
find /var/websites -type f -mtime -3 -not -path '*/backup/*'
-not -path '*/backup/*' fará com que find ignore os arquivos que têm /backup/ em seu caminho. O / em /backup/ é para garantir que isso considere apenas backup como nomes de diretório.
Observe também que, para obter resultados precisos em relação ao tempo, você deve usar -mmin em vez de -mtime . Verifique man find para ter mais ideia sobre isso.