relinux e remastersys criam um .iso inicializável a partir do seu sistema atual, o que significa que uma boa parte de seu sistema de arquivos é copiada diretamente (e compactada) para o arquivo .iso.
Se o seu sistema de arquivos for maior que 4GB, ele será liberado, já que 4GB é o maior tamanho de arquivo que a especificação ISO 9660 Nível 2 permite.
Mantenha o tamanho do seu sistema de arquivos abaixo de 4GB, se possível (embora, / home não não esteja incluído, então pode ser o tamanho que você quiser). Um pouco mais do que isso (digamos, 5GB) provavelmente não importará (dependendo do tipo de dado que existe no seu sistema de arquivos), já que ele é comprimido, mas não é muito maior do que isso.