Você tentou copiar um Gb de informações? Pode ser um bug em df
apenas. Você tentou reformatar o HDD? By the way, verifique o tamanho no GParted ou qualquer outra ferramenta que realmente entende GPT. Recrie a tabela GPT usando GParted, a partição create. Se este disco for somente linux, use o sistema de arquivos btrfs, caso contrário você terá que usar o NTFS.
Se, depois de recriar o GPT, você ainda tiver um tamanho pequeno no GParted, seu disco está danificado ou falso.