Eu tenho o mesmo problema. Normalmente, reiniciar o computador faz o truque. No entanto 
LIBGL_ALWAYS_SOFTWARE=1 java -jar Minecraft.jar
funciona, mas meu FPS vai de 0 a 23 para 1 a 3. Assim, o jogo não é realmente jogável dessa maneira.
Hoje o Minecraft parou de funcionar e eu não consegui lançá-lo. Aqui está o lançador:
[09:00:11] [Client thread/INFO]: Setting user:<br/>
[09:00:11] [Client thread/INFO]: (Session ID is token:5b4403d3d9404ccd84f24eb3d83ee1fe:c0db1933d3c240078a2556758ddd6841)<br/>
[09:00:14] [Client thread/INFO]: LWJGL Version: 2.9.4<br/>
intel_do_flush_locked failed: Input/output error
OS: Xubuntu 14.04.2 Eu já tentei o fornecido no link. Meu GPU atual para este PC é o Intel Q35 e não há drivers proprietários adicionais.
Saídas: link
Eu tenho o mesmo problema. Normalmente, reiniciar o computador faz o truque. No entanto 
LIBGL_ALWAYS_SOFTWARE=1 java -jar Minecraft.jar
funciona, mas meu FPS vai de 0 a 23 para 1 a 3. Assim, o jogo não é realmente jogável dessa maneira.