É perfeitamente seguro para o Ubuntu ser instalado e executado a partir desse SSD. O Linux não precisa corromper arquivos .exe
. ;-P
Se você deseja saber se uma instalação do Windows (por exemplo, em um ambiente de inicialização dupla) será afetada pela remoção desse arquivo, pergunte no SuperUser . As pessoas aqui são muito boas em remover o Windows e instalar o Ubuntu, mas elas não sabem (ou fingem não saber) muito sobre o Windows. Também estaria fora do tópico.