Conheci o mesmo problema hoje, sudo service mongod restart
ou sudo service mongod stop
realmente não interrompe mongod
process. Eu sigo os passos abaixo para resolver o problema:
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Localizar
mongod
process id (414)$ sudo netstat -tlnp | grep 27017 tcp 0 0 127.0.0.1:27017 0.0.0.0:* LISTEN 414/mongod
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Mata
mongod
sudo kill -9 414
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Iniciar
mongod
sudo service mongod start