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Você pode usar o gnome-terminal com a opção --disable-factory que faz:
"Não se registre no servidor de nomes de ativação e não reutilize um processo de terminal GNOME já em execução"
Ele deixará a variável de ambiente 'commands' passar.
Ognome-terminal normalmente é executado em um modo de servidor. O primeiro lançamento inicia um processo, o próximo lançamento envia mensagens para o processo principal para abrir uma nova janela. Então, env vars são definidos apenas no primeiro lançamento.
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Você pode usar um arquivo de script separado e passar seu nome de arquivo para bash. Ou seja inteligente: detecte dentro deste script seu nome de arquivo atual e passe-o para o bash, assim ele chamará esse mesmo script dentro do gnome-terminal (mas passe um parâmetro para pegar um caminho de código diferente).
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Você pode colocar tudo em uma variável, mas certifique-se de que ela se expande antes da chamada para o terminal gnome.