Tente usar chmod
para alterar os direitos do arquivo.
- Use ctrl + l para copiar o local da pasta do Nautilus
- No terminal, use o código a seguir para adicionar direitos de execução à sua conta e ao grupo (é mais fácil colar o local da pasta usando o clique com o botão direito do mouse):%
chmod u+x g+x path/to/folder/file.jar
Veja o site do Ubuntu explicando como as permissões de arquivo funcionam e podem ser alteradas.