Uma atualização não destruirá de maneira alguma seus dados. A pior coisa que pode acontecer é que a atualização falhe ou quebre a inicialização do sistema.
A conseqüência disso é que você não pode inicializar seu sistema operacional. Mas os DATA ainda estarão disponíveis com segurança no próprio disco.
Você simplesmente precisa inicializar um CD ao vivo para recuperá-lo.
Se você tem tanto medo de perder dados em uma atualização (improvável), você já deve ter um backup do sistema disponível, pois corre um risco maior de perder seus DATA por falha de disco do que um upgrade