Dependendo do que você está tentando fazer, estou supondo o que parece para mim que, quando você terminar a unidade, deseja mantê-la conectada, mas não montada.
Então, o que eu aconselho a fazer é abrir o menu e procurar por "Discos" (Ubuntu 14.04 / 10) se o seu disco estiver lá, em vez de clicar em Remover com segurança, basta clicar no botão de pausa na unidade.
Porque, você não sabia disso, eu lhe direi que a ferramenta Safely Removal não faz nada de benéfico, contanto que você não esteja transferindo arquivos, não há problema em desmontá-lo.
Também porque a remoção segura é apenas o seu disco pronto para desconectá-lo. Que neste caso você não é, como eu tomo do que você está fazendo nesta pergunta.