No Ubuntu 12.10, o Unity 2D foi substituído pelo Unity 3D em execução em um backend de software 3D. Isso, como você descobriu, é significativamente mais lento que o Unity 2D no mesmo hardware, porque o software gráfico 2D teve 30 anos de otimizações inteligentes que não funcionam quando você tenta fazer gráficos 2D em uma pilha 3D.
O software Unity 2D foi completamente removido dos repositórios do Ubuntu, então, se você quiser, terá que compilá-lo a partir do código-fonte. Eu recomendo que, se você quiser um desktop rápido e sensível com o mínimo de problemas, use uma sessão do gnome-panel (aka gnome-classic ou gnome-fallback) ou Xfce.