Você não mencionou qual protocolo está usando para transferir arquivos. Independentemente disso, uma coisa que você pode verificar é que sua conexão está sendo negociada corretamente:
ethtool eth0
Substitua eth0 por qualquer que seja sua interface atual. Você está procurando a taxa e os parâmetros duplex - eles devem estar negociando a 1000Mb / s, Full. Se não estiverem, você pode tentar defini-las manualmente:
ethtool -s eth0 autoneg off speed 1000 duplex full