Você pode editar a lista de exclusão como:
gsettings get org.gnome.DejaDup exclude-list
# remove comment to execute
# gsettings set org.gnome.DejaDup exclude-list ['path1', 'path2']
Fonte: link
Eu tentei adicionar padrões como '** /. git' e '** / build' nessa lista, assim:
gsettings get org.gnome.DejaDup exclude-list > exclude-list
gedit exclude-list
gsettings set org.gnome.DejaDup exclude-list "'cat exclude-list'"
Mas para mim parece que os ** não foram passados à duplicidade. Então, em vez disso, acabei fazendo pesquisas como
locate "/home/*/.svn"
locate "/home/*/build"
e adicionou-os à lista de exclusão manualmente