Uma ferramenta que você pode usar é o Unetbootin, que eu descobri ser bastante confiável ao criar pendrives USB inicializáveis.
Você pode instalar o Unetbootin com sudo apt-get install unetbootin
e usá-lo via sudo unetbootin
.
OBSERVAÇÃO: O Unetbootin é um aplicativo gráfico, requer apenas privilégios no nível da raiz para poder modificar o USB e torná-lo inicializável, daí o lançamento via Terminal e não o Dash.