Boas notícias, provavelmente não são as unidades USB nem nada muito sério!
Isso acontece devido a um desligamento não limpo em uma partição do Windows NTFS. O disco fica sujo e o Ubuntu se recusa a tocá-lo, então ele só precisa ser verificado com uma inicialização rápida e saída do Windows ou com o ntfs-3g e alguns programas utilitários no Ubuntu. (Catch-22)
A maneira mais fácil é inicializar o Windows e deixar a verificação do disco fazer primeiro e depois reiniciar no Ubuntu. Se você realmente quer apenas nuke e pavimentar sua instalação do Windows, tente usar um CD ao vivo do GParted e formate o disco de lá primeiro.