Você não pode usar ~
em um arquivo .desktop
, ele não será expandido. Use apenas caminhos absolutos. Você precisa alterar a Exec=
-line para:
Exec=java -jar /home/myuser/Descargas/Minecraft.jar
No caso do diretório incluir espaços:
Exec=java -jar "/home/my user/Descargas/Minecraft.jar"