Primeiramente, verifique se você está conectado à Internet. Os comandos que você está usando não são comandos de instalação. apt-get update atualiza os repositórios do Ubuntu. Isso é útil se você quiser instalar algo de um PPA. apt-get clean remove arquivos desnecessários do seu computador, como dependências de pacotes desinstalados. apt-get upgrade atualiza seu software atualmente instalado para a versão mais recente nas repos.
Para instalar o IPython, verifique se você está conectado à Internet e digite no terminal sudo apt-get install ipython . Para instalar o Eclipse, digite sudo apt-get install eclipse . Espero que isso ajude você!