O Ubuntu não "carrega aplicativos abertos anteriormente na inicialização" prontos para uso.
Tente isto: abra o terminal pressionando Ctrl + Alt + T faça logoff e faça o logon novamente: o terminal não abre automaticamente e se isso acontecer no seu sistema, você tem um aplicativo instalado que faz isso para você. (mas eu não sei qual: verifique as configurações do seu sistema.
Se a sua pergunta for "Como devo adicionar aplicativos ao autostart", edite sua pergunta para deixar isso mais claro e você terá duas possibilidades:
Usando a GUI
Vá para o traço, digite Startup Applications e qualquer aplicativo que você queira abrir no login.
Usando a linha de comando
Dê uma olhada aqui para os locais dos arquivos desses comandos. Você pode adicioná-los de forma programática.