Recentemente fiz isso com uma grande coleção de fotos, e recomendo que você fique com a Shotwell por isso. Você tem que usar alguns truques para conseguir o que você quer embora.
Primeiro, certifique-se de definir 'Escrever tags, títulos e outros metadados para arquivos de fotos' em Shotwell, como no comentário de @ Paradiesstaub.
Se os nomes das pastas forem usados para marcação, como 'Réveillon', importe as pastas individualmente e marque o lote, elas serão listadas como 'Última Importação' no canto superior esquerdo da janela do Shotwell.
Depois de importar todas as suas pastas, marque todos. Depois de ter tudo marcado, ele já está gravado nos arquivos individuais. Você pode movê-los e as tags ficarem.
Neste ponto, você pode deixar os arquivos nas pastas originais ou organizá-los. Eu escolhi ter Shotwell organizá-los por sub-pastas de Ano e Mês. Para fazer isso, selecionei todos os arquivos e os exportei da Shotwell para uma unidade de backup. Depois, apaguei tudo da Shotwell e reimportei da unidade de backup. Agora eu apenas importo e marquei novos, e Shotwell observa o diretório e o mantém organizado.