Você precisa ter todas as permissões do diretório pai definidas corretamente (pelo menos 755).
Uma entrada de erro em /var/log/apache2/error.log semelhante a esta:
[Fri Jan 30 16:31:37.879239 2015] [authz_core:error] [pid 2900] [client 192.168.111.101:56597] AH01630: client denied by server configuration: /media/newhd/test_web/
Deve indicar que seu único problema é que você precisa modificar o modelo de segurança padrão do servidor Apache2 HTTPD para permitir o acesso aos arquivos. O arquivo /etc/apache2/apache2.conf precisa ser editado (como sudo) e essas linhas adicionadas:
<Directory /media/zarpio/40D41555D4154E92/projects/www/muhammadkhalil/public_html_ci/>
Options Indexes FollowSymLinks
AllowOverride None
Require all granted
</Directory>
Além disso, uma entrada de erro em /var/log/apache2/error.log é semelhante a esta:
Forbidden, you have permission to access files on this server
indica um sistema de arquivos incompatível (por exemplo, o ntfs não funcionará) ou outra incompatibilidade. Examine a hierarquia de permissões para quaisquer permissões estendidas (indicadas por um sinal de mais). Hierarquia de permissões de exemplo (sem permissões estendidas):
drwsrwsrwt 8 root root 4096 Nov 28 19:55 /media
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Jan 30 16:24 /media/newhd
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Jan 30 16:26 /media/newhd/test_web
-rw-r--r-- 1 root root 1422 Jan 30 16:26 /media/newhd/test_web/index.html