Parece-me que me deparo com esse problema com uma má gravação USB a partir de um bom arquivo - o unetbootin às vezes muda um ISO de uma forma que impede que ele inicialize com sucesso; dd faz uma cópia fiel que, na minha experiência, sempre funciona. Também é possível que uma partição danificada cause esse tipo de falha; recriar a tabela de partições na unidade flash normalmente corrige esse problema. Se o MD5 é bom, essas são as duas coisas para procurar.