apt-get autoremove remove pacotes órfãos, ou seja, aqueles pacotes que foram automaticamente
instalado para satisfazer as dependências de outros pacotes e agora não são mais necessários.
Portanto, executar apt-get remove não deve causar nenhum dano no seu caso.
Você está percebendo isso porque pode ter perdido alguns pacotes para reinstalar.
Agora, se você não quiser ver essa longa lista no seu comando apt-get autoremove , você pode usar apt-mark para isso. Marque todos esses pacotes como manuais para que o apt-get considere esses pacotes como instalados manualmente.
Em man apt-mark
manual
manual is used to mark a package as being manually installed, which
will prevent the package from being automatically removed if no
other packages depend on it.
A sintaxe de apt-mark acima é
sudo apt-mark manual <pkg...>
Simplesmente copie todo este pacote de lista longo e cole no lugar de <pkg> no comando.