É uma péssima idéia rodar o Ubuntu em um sistema de arquivos não nativo. Vai funcionar por um tempo e, em seguida, dar-lhe problemas (que é o que está acontecendo agora).
Portanto:
- Inicialize o Windows e execute um
CHKDSK X: /F /R, em queX:é a letra da unidade da partição que está falhando no momento. - Faça backup de todos os seus arquivos desta partição
- Leia Como dividir eficientemente uma única Disco de inicialização dupla do Windows-Ubuntu para evitar problemas no futuro e tomar esta resposta como você deve fazê-lo.
- Reinstale o Ubuntu usando seu novo conhecimento ...
E principalmente: não use o link em sua pergunta, pois é uma solução que usa ext3 e ext4 . (Que é o que eu estou tentando fazer você usar a partir de agora)