Não deve haver nenhum problema ao carregar de discos diferentes (pelo menos com grub2). Aqui está uma ferramenta fácil que você pode usar para editar o link do grub.
Basta adicionar uma nova entidade e escolher sua partição no outro disco
Eu tenho dois HDDs no meu PC, um tem o Win7 e o outro, o Ubuntu 12.04 (com boot). Para escolher qual sistema operacional usar, eu tenho que mudar minhas prioridades de inicialização do BIOS. Como posso fazer com que ele me pergunte qual sistema operacional inicializar, em vez de alterá-lo várias vezes, já que tenho vários usuários no Win7?