A única maneira que eu acho que seu convidado Kali teria um impacto qualquer em seu host HD é se de alguma forma você tiver pastas compartilhadas configuradas. Mas mesmo assim, parece um pouco improvável.
Havia mais alguma coisa acontecendo recentemente? Uma atualização do sistema?
Quanto ao VBox e ao seu convidado Kali, o "HD" do próprio convidado é apenas um arquivo (ou vários, depende, ATM irrelevante) e o que você fizer com esse "HD" não deve ter impacto nas partições do host.
Com mais informações, talvez mais pessoas possam ajudar. Boa sorte!