Quando você faz o login no Windows 8, ele tenta indexar alguns dados. Depois de trabalhar com suas janelas por um tempo, os dados se tornarão maiores e maiores e causarão um uso de disco alto e perceptível.
O Ubuntu não é tão ideal quanto o Windows 8 no gerenciamento de recursos. Além disso, pode haver um problema com o seu driver da GPU. Se você não instalou isso, faça um tour aqui . Isso pode ajudar muito no controle da temperatura.
Não se preocupe, não há nada de errado em ter um sistema de inicialização dupla.